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海洋三所创建于1959年,是自然资源部直属的国家公益一类综合型海洋科学研究机构，主要从事海洋基础研究、应用研究和高新技术研究，促进海洋科技进步，为海洋管理、公益服务、海洋经济发展及海洋安全提供科技支撑。海洋三所重点发展深海生物研究与海洋生物资源开发利用、全球变化与区域海洋响应、海洋生物多样性与生态系统保护、应用海洋学四个学科领域13个研究方向，拥有10个研究部门（含自然资源部属重点实验室2个和工程中心1个），以及面向服务经济社会建设为主的厦门海洋工程勘察设计研究院。在深海微生物研究、海洋-大气化学与全球变化等学科领域居全国领先地位，部分成果达到国际先进水平；海洋生物多样性和生态系统保护与修复研究及应用具明显优势，部分领域处于全国领先水平；海洋生物资源开发利用技术独具特色，一批专利实现成果转化，在国内处于先进水平；在台湾海峡、南海等区域海洋学研究方面研究成果突出，海洋声学等领域在国内具有一定的学科优势。